تضلع السيسا بمهامها في المجالات أدناه :ـ

  • التحليل الإستخباري الإستراتيجي حول مهددات السلم والأمن في القارة .
  • الحصول على المعلومات ومعالجتها وتحليلها وإرسالها للأعضاء من خلال الأمانة .
  • تسهيل بناء القدرات ومواءمة أساليب التعامل مع المهددات الامنية المشتركة .
  • تنسيق الإستراتيجيات لتوفير النصح حول مسار العمل المناسب حول القضايا في نطاق تفويضها .
  • تطوير عقيدة أمن أفريقي ذاتية لوضع أسس مشتركة لدراسة وتحليل الظواهر والعوامل التي تضر بإستقرار الأعضاء .
  • أي مهمة اخرى توكل إليها من قبل رئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي أو الممثل المعين حسب الأصول .