• A Conferência é o órgão executivo supremo do CISSA;
• A Conferência é composta pelos Chefes de Serviços de Informações e Segurança dos Membros ou pelos seus Representantes devidamente acreditados;
• A Conferência reúne-se em sessão ordinária uma vez por ano, antes da Assembleia da UA dos Chefes de Estado e Governo, e analisa a situação da paz e segurança no continente e pronuncia-se sobre os mesmos;
• O acolhimento da Conferência obedece o princípio de rotatividade regional entre os Membros, respeitando o princípio do “primeiro-a-oferecer-se-primeiro-a-acolher. Se um Membro retirar a sua proposta relativa ao acolhimento da Conferência, a oportunidade de o fazer é, em primeiro lugar, concedida a qualquer outro Membro da mesma região que o Membro que se retirou e, se nenhum desses Membros se oferecer para o efeito, a oportunidade de o fazer é aberta a qualquer outro Membro que fizer a oferta em primeiro lugar;
• O Membro anfitrião é o Presidente e deve custear as despesas da Conferência;
• O Membro anfitrião assume a Presidência da Conferência após as cerimónias de abertura e apresentação do relatório do Presidente cessante.
• Se nenhum Membro se disponibilizar para acolher a Conferência, a Conferência deve ser realizada na sede do CISSA.
• Se a Conferência for realizada na sede do CISSA, o actual Presidente continuará a exercer as suas funções até que haja um Membro anfitrião ou até que a Conferência determine o contrário;
• A pedido de qualquer Membro e mediante aprovação por uma maioria de dois terços de todos os Membros elegíveis, a Conferência pode convocar uma Sessão Extraordinária para tratar de questões específicas; e
• As Sessões Extraordinárias realizar-se-ão no país de um Membro que se disponibilize para acolher a Conferência.

Os poderes e funções da Conferência são os seguintes:

• Definir as directrizes políticas gerais do CISSA e dos seus órgãos;
• Fazer uma análise anual das actividades do Secretariado e fornecer quaisquer outras orientações;
• Analisar o estado da paz e segurança no continente;
• Atribuir tarefas, receber, analisar e tomar decisões sobre os relatórios e recomendações do Secretariado;
• Deliberar sobre qualquer assunto que lhe seja apresentado pelo CISSA;
• Apreciar e adoptar o orçamento do CISSA;
• Criar qualquer outro órgão do CISSA e outros Comités Técnicos Especializados que se revelem necessários;
• Nomear o Secretário Executivo do CISSA;
• Nomear o pessoal do Secretariado com base no princípio da UA relativo à representação regional equitativa;
• Renovar ou rescindir contratos do pessoal do Secretariado;
• Determinar as sanções apropriadas a serem impostas a qualquer Membro que não honra com o pagamento de Contribuições Estatutárias para o orçamento do CISSA;
• Emendar o Memorando de Entendimento sobre a Criação do CISSA;
• Sancionar qualquer cooperação entre o CISSA e outras organizações de África e não só ;
• Tratar de todos os assuntos que possam resultar de quaisquer relações entre o CISSA e outras organizações; e
• A Conferência pode delegar algumas das suas competências ao Bureau da Conferência.