• المؤتمر هو الجهاز التنفيذي الأعلى للسيسا

• يتألف المؤتمر من رؤساء أجهزة الأمن والمخابرات للأعضاء أو ممثليهم المعتمدين حسب الأصول.

• يجتمع المؤتمر في دورة عادية مرة واحدة في السنة قبل انعقاد مؤتمر رؤساء دول وحكومات الاتحاد الأفريقي، ويستعرض حالة السلم والأمن في القارة ويعبر عن رأيه بشأن هذه القضايا.

• تكون استضافة المؤتمر على أساس التناوب الإقليمي بين الأعضاء واحترام مبدأ أسبقية الحضور. عندما يسحب أحد الأعضاء عرضه لاستضافة المؤتمر، يجب أن تنتقل فرصة الاستضافة في المقام الأول إلى أي عضو آخر من نفس الاقليم، وإذا لم يعرض اي عضو من الاقليم استضافة المؤتمر، فستكون فرصة الاستضافة مفتوح لأي عضو آخر يقدم العرض الأول ؛

• يكون العضو المضيف هو الرئيس ويتحمل تكاليف المؤتمر.

• يتولى العضو المضيف رئاسة المؤتمر بعد حفل الافتتاح وتقديم تقرير الرئيس المنتهية ولايته.

• إذا لم يعرض أي عضو استضافة المؤتمر، سيعقد المؤتمر في مقر السيسا.

• إذا تم عقد المؤتمر في مقر السيسا، يجب أن يستمر الرئيس الحالي في شغل منصبه حتى يكون هناك عضو مضيف أو ما لم يقرر المؤتمر خلاف ذلك ؛

• بناء على طلب أي عضو وبموافقة أغلبية ثلثي جميع الأعضاء المؤهلين، يعقد المؤتمر دورة استثنائية للتعامل مع قضايا محددة ؛

• تعقد الدورات الاستثنائية في بلد العضو الذي يعرض استضافة المؤتمر.

تكون سلطات ومهام المؤتمر على النحو التالي:

• وضع المبادئ التوجيهية للسياسة العامة للسيسا وأجهزتها.

• إجراء مراجعة سنوية لأنشطة الأمانة وتقديم أي توجيهات أخرى.

• إجراء مراجعة لحالة السلم والأمن في القارة.

• تحديد المهام والنظر واتخاذ القرارات بشأن التقارير والتوصيات من الأمانة.

• المداولة في أي مسألة تحال إليها من قبل أمانة أو مكتب  السيسا.

• دراسة واعتماد ميزانية السيسا.

• إنشاء أي هيئة أخرى للسيسا واللجان الفنية المتخصصة الأخرى حسب الاقتضاء.

• تعيين الأمين التنفيذي للسيسا.

• تعيين موظفي الأمانة على أساس مبدأ الاتحاد الأفريقي الخاص بالتمثيل الإقليمي العادل.

• تجديد أو إنهاء عقود موظفي الأمانة.

• تحديد العقوبات المناسبة التي سيتم فرضها على أي عضو يتخلف عن سداد المساهمات المقررة في ميزانية السيسا.

• تعديل مذكرة التفاهم بشأن إنشاء السيسا.

• الاقرار بأي تعاون بين السيسا والمنظمات الأخرى من داخل أو خارج أفريقيا.

• التعامل مع جميع الأمور التي قد تنشأ عن أي تعاملات بين السيسا والمنظمات الأخرى. 

• يجوز للمؤتمر تفويض بعض سلطاته لمكتب المؤتمر.