Le Secrétariat, dont la composition reflète le principe de représentation régionale équitable de l’UA, est dirigé par le Secrétaire exécutif, qui est un haut fonctionnaire d’un Service membre et assisté par le nombre de fonctionnaires déterminé par la Conférence pour s’acquitter de ses fonctions.

Il est basé à Addis-Abeba, en Éthiopie, et à cette fin, un accord de siège est conclu entre le CISSA et le Gouvernement de la République fédérale démocratique d’Éthiopie, qui couvre, entre autres, les privilèges et immunités diplomatiques des membres du personnel du Secrétariat.

Le rôle et les fonctions du Secrétariat sont les suivants :

• Obtenir des rapports de renseignements et des données pertinents des membres pour remplir ses obligations en matière de rapports stratégiques à la Commission de l’Union africaine.
• Soumettre au Président de la Commission de l’UA, les décisions pertinentes résultant des conférences.
• Prendre part aux activités du CPS en tant qu’organe de l’Architecture africaine de paix et de sécurité (APSA) et partager toute information pertinente avec les membres du CISSA.
• Collaborer avec le CPS et appuyer ses activités, selon le cas.
• Mettre en œuvre toutes les décisions pertinentes, les plans de suivi, surveiller les programmes, les actions et les stratégies du Conseil de paix et de sécurité de l’UA concernant les questions de renseignement et de sécurité.

• Soumettre aux Membres des rapports semestriels sur l’état de la paix et de la sécurité sur le continent du point de vue de l’UA et toute autre question pertinente pour une meilleure appréciation de l’état de la paix et de la sécurité.
• Développer et héberger la base de données du CISSA sur toutes les menaces sur le continent.
• Préparer un plan d’action pour le Secrétariat.
• Préparer et gérer le budget du CISSA conformément au règlement financier du CISSA.
• Coordonner les activités des autres organes du CISSA.
• Préparer l’estimation continentale du renseignement (ECR).
• Fournir des évaluations stratégiques aux membres en ce qui concerne les questions de paix et de sécurité en Afrique.
• S’acquitter de toutes autres tâches qui pourraient lui être confiées par le Président de la CUA et la Conférence.