O Secretariado, cuja composição deve reflectir o princípio da UA de representação regional equitativa, é liderado pelo Secretário Executivo, que é um funcionário sénior de um Serviço-Membro e é assistido por vários de funcionários conforme determinado pela Conferência para o desempenho das suas funções.

O Secretariado terá a sua sede em Adis Abeba, na Etiópia, e para o efeito será celebrado um Memorando de Entendimento entre o CISSA e o Governo da República Federal Democrática da Etiópia, que abrangerá, entre outros aspectos, os privilégios e imunidades diplomáticas dos membros do pessoal do Secretariado.

O papel e as funções do Secretariado são os seguintes:

• Obter relatórios de informações e dados relevantes dos Membros para cumprir com as suas obrigações de apresentação de relatórios estratégicos à Comissão da União Africana
• Remeter ao Presidente da Comissão da UA decisões relevantes resultantes das Conferências
• Participar nas actividades do CPS, enquanto órgão da Arquitectura Africana de Paz e Segurança (APSA), e partilhar todas as informações relevantes com os Membros do CISSA
• Colaborar com o CPS e apoiar as suas actividades, sempre que necessário
• Implementar quaisquer decisões relevantes, planos de acompanhamento, programas de monitorização, acções e estratégias do Conselho de Paz e Segurança da UA relativamente às questões de inteligência e segurança
• Remeter aos Membros relatórios semestrais sobre o estado da paz e segurança no continente na perspectiva da UA e quaisquer outras questões relevantes para uma melhor avaliação do estado da paz e segurança
• Desenvolver e alojar a base de dados do CISSA sobre todas as ameaças no continente
• Preparar um Plano de Acção para o Secretariado
• Preparar e gerir o orçamento do CISSA em conformidade com as normas financeiras do CISSA
• Coordenar as actividades de outros organismos do CISSA.
• Preparar a Estimativa Continental de Informações (CIE)
• Fornecer avaliações estratégicas aos Membros no que respeita às questões de paz e segurança em África.
• Cumprir com quaisquer outras tarefas que possam ser incumbidas pelo Presidente do CUA e pela Conferência.