يرأس الأمانة، التي يجب أن يعكس تكوينها مبدأ الاتحاد الأفريقي الخاص بالتمثيل الإقليمي العادل، الأمين التنفيذي، الذي يجب أن يكون مسؤولاً رفيع المستوى من إحدى الأجهزة الأعضاء ويساعده عدد من الموظفين قد يحددهم المؤتمر للقيام بواجباته.

يجب أن يكون مقرها في أديس أبابا، إثيوبيا ، ولهذا الغرض ، سيتم إبرام مذكرة تفاهم بين لبسيسل وحكومة جمهورية إثيوبيا الديمقراطية الفيدرالية، والتي ستغطي، من بين أمور أخرى، الامتيازات والحصانات الدبلوماسية الخاصة بـ من موظفي الأمانة.

يكون دور الأمانة ووظائفها على النحو التالي:

• الحصول على التقارير استخبارية والبيانات ذات الصلة من الأعضاء للوفاء بالتزامات الإبلاغ الاستراتيجي لمفوضية الاتحاد الأفريقي

• تقديم القرارات ذات الصلة الناتجة عن المؤتمرات إلى رئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي

• المشاركة في أنشطة مجلس السلم والأمن كجهاز من أعضاء الهيكل الأفريقي للسلام والأمن، ومشاركة أي رؤى ذات صلة مع أعضاء  السيسا.

• التعاون مع ودعم أنشطة مجلس السلم والأمن حسب مقتضى الحال

• تنفيذ أي قرارات ذات صلة، وخطط المتابعة، ورصد البرامج والإجراءات والاستراتيجيات الخاصة بمجلس السلم والأمن التابع للاتحاد الأفريقي فيما يتعلق بالمسائل الاستخبارية والأمنية

• تقديم تقارير نصف سنوية إلى الأعضاء حول حالة السلام والأمن في القارة من منظور الاتحاد الأفريقي وأي قضايا أخرى ذات صلة بتحسين تقدير حالة السلام والأمن

• تطوير واستضافة قاعدة بيانات السيسا حول جميع التهديدات في القارة

• إعداد خطة عمل للأمانة

• إعداد وإدارة ميزانية السيسا وفقا للقواعد المالية للسيسا

• تنسيق أنشطة هيئات السيسا الأخرى.

• إعداد التقدير الاستخباراي القاري

• تقديم تقييمات استراتيجية للأعضاء فيما يتعلق بقضايا السلام والأمن في أفريقيا.

• أداء أي مهام أخرى قد يكلف بها رئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي والمؤتمر.