المؤتمر: يتألف من رؤساء أجهزة الأمن والمخابرات في الدول الأعضاء
هيئة الخبراء: تتألف من ممثلين عن كل عضو من أعضاء السيسا.
الأمانة: مقرها في أديس أبابا لتسهيل التنسيق مع الاتحاد الأفريقي، ويعمل بها ضباط معينون من أجهزة الأمن اولمخابرات الأعضاء بالسيسا على أساس مبدأ التمثيل الإقليمي العادل.